El proyecto tiene un vínculo inherente con las áreas sustantivas institucionales como lo son la Dirección, el departamento de Asuntos Jurídicos, el área de Conservación y la de Monumentos Históricos así como con el área de Investigación Científica; arqueología, antropología social, antropología física, lingüística y museos comunitarios. El proyecto de Protección Técnica y Legal de la Arqueología de Oaxaca tiene su fundamento y justificación en su mandato legal, siendo la base de su marco legal la Ley Orgánica del INAH (1939) y la Ley Federal sobre Zonas y Monumentos Arqueológicas, Artísticas e Históricas y su respectivo Reglamento (1985), que constituyen su marco legal y normativo. El proyecto presenta diferentes temáticas y fases de aplicación, iniciándose su acción con base en el funcionamiento de la Ventanilla Única por la que comienza el protocolo de la Atención a denuncias por medio de la elaboración de Peritajes con Dictámenes hechos por arqueólogos especializados y trabajadores de base, lo que constituye su trabajo rutinario. Como consecuencia, algunos casos ingresados derivan en la realización de rescates arqueológicos, tarea fundamental del proyecto que conlleva a la planeación de medidas preventivas para la Conservación de zonas arqueológicas y entidades de este tipo, generalmente con base en un Mapeo pormenorizado así como Registro de Inmuebles Arqueológicos en el Sistema Único de Registro Público de Monumentos y Zonas Arqueológicos e Históricos y la elaboración de Convenios con Ayuntamientos y Comunidades Agrarias (eventualmente esta relación conduce a la elaboración de Convenios y Acuerdos oficiales para conservación de las zonas arqueológicas por medio de la elaboración de Proyectos Técnicos de Declaratorias de Zona Federal y su correspondiente Manifestación de Impacto Regulatorio), así como con la creación y apertura de Museos Comunitarios. Finalmente, un aspecto de mayor importancia de toda esta cadena de procedimientos y protocolos es la del Registro de Bienes Muebles e Inmuebles, tarea que conduce al manejo, clasificación, y registro de múltiples colecciones de tiestos y objetos arqueológicos recabados durante los diferentes tipos de investigaciones y trabajos realizados, cuyo origen puede ir de lo incierto a ser de procedencia contextual plenamente identificada, así como de colecciones particulares privadas y de museos.