En 1966 se iniciaron los trabajos del Proyecto de Arqueología y Ecología Humana en el Valle Central de Oaxaca, conducido por Kent V. Flannery y sus asociados, explorando localidades como Huitzo, San José Mogote y el Valle de Tlacolula, especialmente sus cuevas prehistóricas como Guila Naquitz. Durante quince años duró tal iniciativa, en la determinación de la antigüedad y vida del hombre prehistórico y del Pleistoceno en Oaxaca. Ya en San José Mogote, algunos de sus edificios monumentales fueron develados y expuestos y después dejados al garete y al azar. No es sino hasta 1994, en que el INAH por intermediación de Joaquín García Bárcenas, Enrique Nalda, Alejandro Martínez Muriel y Roberto García Moll, establecieron la meta de COMPRAR la mayor parte de las 45 ha. del núcleo constructivo monumental y con ello la Plaza Principal de la zona arqueológica, dada la jerarquía y relevante de la localidad, tomando en cuenta que es cuna de la civilización y sedentarización del hombre en los valles centrales de Oaxaca, por la vía de la agricultura de riego, hace ya algo mas de 4000 años, por ello lo consideraron importante y prioritario dado el avance de la gentrificación local. Se le considera a esta zona como uno de los lugares prístinos del origen del Estado Arcaico, además de contar con claras evidencias de un paquete cultural notorio: jerarquización social, división del trabajo, presencia de especialistas artesanos de tiempo completo, arquitectos, astrónomos, guerreros, agricultores, y gobernantes sacerdotes, así como el comercio e intercambio regional y de larga distancia con la región nuclear olmeca, la costa del Océano Pacífico así como estilísticamente con el Centro de México. Cabe añadir que cuenta con clara evidencias de la más temprana muestra de escritura calendárica para todo Mesoamérica -650 años aC-. Es notorio el papel desempeñado de sus linajes en la fundación de Monte Albán y su desarrollo y pervivencia puede establecerse hasta el año 1450 CE. La iniciativa de adquisiciones de predios se ha visto interrumpida con los cambios sexenales y suspendida por directores de turno, que nunca entendieron la la importancia de la iniciativa , sin lograrse aún ni una tercera parte de los objetivos iniciales y dejando a la zona arqueológica con serios problemas de atención, abandono y mantenimiento.