Folio 2019: 25032. En 1976 el INAH asignó un custodio permanente en la Ex Misión de Nuestra Señora del Pilar y Santiago de Cocóspera. La primer investigación formal fue propuesta por el arqueólogo Arturo Oliveros en 1974. En 1980, la SAHOP intentó construir una techumbre pero lamentablemente parcialmente excavó el interior del templo sin autorización, acción detenida por Monumentos Históricos del INAH. En 1982 se realizaron excavaciones en el nártex del Templo para la colocación de un andamio que protegiera la fachada de un colapso. Entre los años 1998 y 2002 se realizaron tres talleres del Seminario de Conservación y Restauración de Arquitectura de Tierra (SICRAT), ahí se realizaron siete pozos arqueológicos y una excavación extensiva. En 2002 se presentó el proyecto de Arqueología Prehispánica y Protohistórica Valle de Cocóspera para estudiar procesos históricos en el Valle, se realizaron recorridos de superficie y excavaciones (2002-2006), entre las conclusiones estuvo la identificación del muro perimetral en 3/4 partes de la misión; se concluyó que la evidencia es principalmente del siglo XIX, pero dista desde el periodo prehispánico y se mapearon ruinas del pueblo. En el interior del templo se registraron los pisos de loseta de barro y en secciones se recuperaron aplanados de yeso con policromía. En 2006 se presenta un proyecto de techumbre definitiva junto con la CNCPC-INAH pero la Coordinación Nacional de Monumentos Históricos lo congeló sin argumentación alguna. En 2016 el techo temporal es destruido por un huracán y renace la atención por la conservación, siendo la Secretaría Técnica quien coordina todas las áreas para reactivar acciones que llevaran a la conservación y puesta en valor de Cocóspera. En 2017-2018 se realizan trabajos de intervención arqueológica en los muros y en 2019 se excavan el baptisterio y dos sectores del lado oeste del templo para remover los derrumbes del exterior del templo, además se exploró el muro perimetral norte, localizando cuartos coloniales bajo el cementerio histórico. En 2020 la pandemia por COVID-19 detuvo el proyecto. En 2021 se presenta la continuidad de trabajo, autorizándose los recursos pero solamente se ministraron salarios, que solo alcanzó para excavar tres de diez pozos necesarios para la liberación del nuevo proyecto de techumbre definitiva del templo, en los tres pozos se localizó el cementerio del periodo jesuita, solamente un pozo fue liberado y los otros nueve están pendientes de liberación por el área de arqueología.