Folio 2019: 25032. Las investigaciones de la Ex Misión de Nuestra Señora del Pilar y Santiago de Cocóspera se remontan desde los años 1930's del siglo XX. El primer proyecto de investigación formal sobre Cocóspera se propone en 1974 por el arqueólogo Arturo Oliveros cuyo planteamiento era generar un estudio de antropología general del Valle (Oliveros, 1976). Como resultados se asignó un custodio permanente del INAH; se habilitó la misión para el turismo y se realizaron recolecciones de material de superficie. A principios de1980 el interior del templo fue parcialmente excavado sin supervisión por personal de la SAHOP, acciones detenidas por Monumentos Históricos del INAH. En 1982 se realizaron excavaciones en el nártex del Templo para la colocación de un andamio que protegiera la fachada de un colapso. Entre los años 1998 y 2002 se realizaron tres talleres de Conservación y Restauración de arquitectura de tierra, en ese marco se realizaron siete pozos y una excavación extensiva. En 2002 se formalizó el proyecto de Arqueología Prehispánica y Protohistórica Valle de Cocóspera para estudiar el proceso de formación, crecimiento, expansión y abandono de sitios en el Valle. Se realizaron recorridos de superficie y excavaciones en el valle y misión (2002-2006). Entre las conclusiones estuvo la identificación del muro perimetral en 3/4 partes de la misión; se concluyó que la evidencia es principalmente del siglo XX, pero dista desde el periodo prehispánico; y se mapearon ruinas del pueblo. En el interior del templo se registraron los pisos de loseta de barro y en secciones se recuperaron aplanados de yeso con policromía. En los años subsiguientes (2005-2006) las actividades del proyecto se destinaron exclusivamente al mantenimiento de la zona arqueo-histórica. A partir de la afectación del pequeño techo temporal por un huracán en 2016 renace la atención por la conservación, siendo la Secretaría Técnica, quien coordina las especialidades de arquitectura, arqueología y restauración para analizar y reactivar acciones que llevaran a la conservación y puesta en valor de Cocóspera. En 2017-2018 se realizan trabajos de intervención arqueológica en los muros y en 2019 se realiza una temporada para remover todo el sedimento de los muros del perímetro del templo, se intervino el baptisterio, la sección Noroeste y la ventana jesuita, además se exploró el muro perimetral norte, localizando cuartos coloniales bajo el cementerio histórico. En 2020 la pandemia por COVID-19 detuvo el proyecto.