Se han recuperado por casi tres décadas las evidencias de la ocupación humana del abanico aluvial del Arroyo Boquillas en el Desierto de Sonora, con evidencias de grupos paleoindios y fauna asociada (alrededor de 11,000 años), de grupos recolectores-cazadores del Arcaico (7,500 a 1,500 a.n.e.), de los primeros cultivadores del desierto (1500 a.n.e. a 50 d.n.e.), los grupos de tradición Trincheras de cerámicas decoradas (200 a 1,300 d.n.e.), y Pimas del periodo histórico (circa 1,600- 1,850 d.ne.). El componente más estudiado corresponde con el Periodo de Agricultura Temprana, fases San Pedro y Ciénega. Hasta 2019 se han excavado y recuperado más de 600 elementos arqueológicos (342 entierros humanos, 38 cremaciones primarias y secundarias, más de 30 entierros de perros y alrededor de 100 hornos de los más de 3000 existentes). De los resultados de las investigaciones en arqueología, bioarqueología y geoarqueología se han elaborado tesis de grado y posgrado, publicándose artículos en revistas especializadas, ponencias y carteles en foros nacionales e internacionales. En el primer trimestre del 2021 se digitalizaron y georreferenciaron dibujos y fotografías de elementos y materiales diagnósticos para crear el mapa digital del sitio, en proceso por Paula Hertfelder. Hunter Claypatch analizó las cerámicas decoradas de tradición Trincheras del sitio, proponiendo un nuevo tipo La Playa Púrpura sobre Café, más temprano que los tipos decorados del valle de Altar. James Watson sigue al frente de análisis osteopatológicos y Patricia Hernández continúa coordinando la curaduría de la colección osteológica, auxiliada por una asistente de investigación. En 2021 por las restricciones en el uso de viáticos, se solicitó el traslado de elementos osteológicos del repositorio de Trincheras al CIS. Se continúan ingresando registros al Sistema Único y realizando curaduría de las colecciones en Hermosillo. Cuando es posible se sigue monitoreando la zona de monumentos arqueológicos por el encargado de Cerro de Trincheras. Por contingencia sanitaria y graves condiciones de inseguridad en la región no se ha podido realizar ninguna temporada de campo para la excavación de elementos previamente seleccionados, tampoco han podido acudir los colaboradores para continuar diversos análisis de la muestra osteológica y artefactos de obsidiana. La recalendarización de actividades ha sido autorizada por Consejo de Arqueología (Nos. de Oficio 401.1S.3-2022/180 del 8 de febrero y 401.1S.3-2022/46322 del 22 de febrero de 2022).