El Instituto Nacional de Antropología e Historia, decide conformar el Museo de Sitio a partir del mes de noviembre 1995. Fecha en que abre sus puertas al público integrado cuatro salas que se encuentran ubicadas en el claustro alto, en el pasillo sur oriente; a fines del 2003 se anexaron dos salas más. Estas salas se encuentran en cinco de las dote celdas que fueron aposentos de los frailes así corno en lo que fue la `capilla doméstica' o privada del convento. La exposición permanente, con acervo de que obtuvo en las zonas aledañas al inmueble, y que abarca desde el origen del señorío autónomo callhua (700 d. C.) hasta la llegada de los, españoles, y que corresponden a los aspectos relevantes de las actividades que los frailes desarrollaron en este pueblo, durante su permanencia por cerca de 300 años.