Para el año 2014 la documentación del acervo se encontraba bajo la custodia de la fundación Harp Helú, al tratarse de un acervo administrativo la fundación decidió (por los objetivos propios de la fundación) que no eran ellos la institución óptima para su resguardo a su vez que se decidía que el Instituto Nacional de Antropología e Historia se hiciera cargo del mismo. Siendo así que las actividades de traslado de los expedientes del acervo mencionado de una bodega localizada en la calle de Morelos 1321 en la ciudad de Oaxaca a las instalaciones del ex Convento de Santo Domingo en Yanhuitlán, se realizaron del 9 al 15 de julio del 2014. Las características de los fondos del archivo histórico son las siguientes: - Contienen documentación desde la creación de los Centros a la fecha, es decir, tienen una antigüedad aproximada de 50 años. - Los expedientes documentan las acciones realizadas por el Instituto Nacional Indigenista (INI), antecesor de la CDI, institución responsable de la implementación de las políticas públicas en las diferentes regiones indígenas de México. - Para facilitar su consulta los expedientes se han clasificado de acuerdo a su origen de procedencia en las siguientes series documentales, elaboradas a partir de los organigramas del INI en diferentes etapas de su historia: Agronomía, Antropología, Bienestar Social, Comercialización, Dirección, Economía, Educación, Fondos para la Cultura, Fondos Regionales, Salubridad, Forestal, INI-COPLAMAR, INI-PODER, INI-SOLIDARIDAD, Jurídico, Odontología, Organización y Capacitación, Programa Café, Programa Emergente de Vivienda, Infraestructura, Radio, Reubicados, Salubridad, y Zootecnia. - Los documentos que resguardan los archivos históricos de la CDI en Oaxaca, producidos por el INI a nivel central y local, constituyen la memoria del indigenismo en esas regiones y son testimonio de la aplicación de los programas y proyectos desarrollados por el Instituto, durante más de 54 años.