El acervo de bienes arqueológicos del museo se ha conformado gracias a los hallazgos hechos por las investigaciones arqueológicas en la región, así como a los otros hallazgos de tipo fortuitos, el confiscamiento de bienes, o donaciones. La colección está constituida por materiales cerámicos, escultura en piedra, artefactos de concha, jadeíta, pedernal, obsidiana, procedentes de diversos sitios arqueológicos. El acervo que resguarda el Museo se ha conformado al menos desde principios del siglo XX y ha seguido creciendo hasta la actualidad. La colección completa del museo está compuesta por alrededor de veinte mil objetos (Ugalde Romo y Hernández Peña 2016: 20), y se ha clasificado en objetos arqueológicos, objetos coloniales y objetos etnográficos. De acuerdo con Hett (1992) el proyecto de administración de la colección tiene que ver con: a) la investigación de los objetos que componen la colección, de las exposiciones que de ellos se han realizado, de la documentación existente, del catálogo actual en uso y del registro de diversos tipos; b) la conservación a través de una prospección del estado de conservación de la colección, así como de las restauraciones realizadas; d) del control de colecciones, es decir de su almacenamiento y movimiento de obra, préstamos, embalaje, desembalaje; e) de la seguridad de la colección a través de los sistemas de seguridad existente y control de sustancias y materiales empleados; e) del mantenimiento o control de condiciones ambientales, limpieza del área de almacenamiento y consulta, mantenimiento del edificio y equipo, y control de plagas; y f) de las exposiciones con sus consecuentes reportes de estado de condición, montaje, embalaje, transporte, iluminación, y condiciones ambientales.