A partir del año 1973 el Instituto se ha hecho cargo de la custodia y protección de la antigua misión fundada en 1698 por el misionero jesuita Eusebio Francisco Kino. Desde 1997 se han llevado a cabo diversas temporadas de campo, así como talleres de conservación y restauración, en los que se logró realizar acciones de protección y estabilización de los materiales constructivos y sus recubrimientos arquitectónicos con capa pictórica, entre otras, con el objetivo de salvaguardar los vestigios del monumento histórico. En la última década se ha registrado el incremento de deterioros y daños principalmente por los efectos del medio ambiente, que han provocado la pérdida de los vestigios, de lo que fuera una de las misiones de mayor importancia en el norte del país Ante esta situación, las diferentes áreas del Instituto involucradas en la conservación de los restos del bien cultural: Secretaría Técnica, Centro INAH Sonora, Coordinación Nacional de Conservación del Patrimonio Cultural, Coordinación Nacional de Arqueología, Coordinación Nacional de Monumentos Históricos y Coordinación Nacional de Obras y Proyectos, han llegado a la determinación que, dado que no se cuenta por el momento con recursos para la restauración del inmueble, la única manera factible en el corto plazo de contener el avance de los daños y evitar la pérdida de los vestigios, es mediante la adquisición de una protección temporal que frene la incidencia de los agentes de deterioro: la erosión por lluvia y viento, así como los cambios de temperatura por la intensa radiación solar durante el día y las bajas temperaturas durante la noche. Esta protección será exenta del edificio y deberá ajustarse a las condicionantes físicas del sitio, así como responder a las necesidades de trabajo de los equipos técnicos del Instituto, por lo tanto, se requiere de un diseño especial.