El Museo Nacional del Virreinato alberga el conjunto arquitectónico construido por los jesuitas en Tepotzotlán para su Colegio Noviciado y Casa de Probación. El templo de san Francisco Javier es el espacio más representativo del Colegio construido por la Compañía de Jesús. Sus retablos, fachada y torre son ejemplos del barroco, se desplanta en forma de planta cruciforme con una cúpula que corona el crucero. La construcción fue iniciada en 1670 e inaugurada doce años después. En el templo se conservan magníficos retablos que corresponden a las autorías de Miguel Cabrera y el escultor Higinio de Chávez, terminados junto con la pintura mural del presbiterio y el transepto en 1758. La sacristía fue construida en el siglo XVII y decorada con pinturas al óleo de gran formato del pincel de Miguel Cabrera en el siglo XVIII, a la cual se le colocaron enormes y bellas cajoneras.