El Museo Nacional del Virreinato se alberga en el conjunto arquitectónico construido por los jesuitas en Tepotzotlán para su Colegio Noviciado y Casa de Probación. El templo de san Francisco Javier es el espacio más representativo del Colegio construido por Compañía de Jesús. Sus retablos, fachada y torre son ejemplos del barroco, se desplanta en forma de planta cruciforme con una cúpula que corona el crucero. La construcción fue iniciada en 1670 e inaugurada doce años después. En el templo se conservan magníficos retablos que corresponden a las autorías de Miguel Cabrera y el escultor Higinio de Chávez, terminados junto con la pintura mural del presbiterio y el transepto en 1758. La sacristía fue construida en el siglo XVII y decorada con pinturas al óleo de gran formato del pincel de Miguel Cabrera en el siglo XVIII, a la cual se le colocaron enormes y bellas cajoneras. La sociedad de amigos del Museo, hoy extinta, brindó apoyo económico para restaurar los retablos del templo. La mayor parte de la obra de la sacristía está restaurada; sin embargo, es notorio que los recursos hicieron que se tomaran decisiones sobre qué restaurar, es evidente que se intervinieron las pinturas que se ven de frente, pero quedaron sin intervenir cuatro pinturas ubicadas en el muro donde se encuentra la puerta de ingreso. Los recursos remanentes que quedaron en el FONCA y que serían aplicados a la restauración de las pinturas mencionadas fueron absorbidos por el gobierno federal. Por lo anteriormente expuesto, es de suma importancia desarrollar este proyecto para la conservación integral de los bienes que resguarda el Museo, valorando su apreciación como conjunto único.