El Laboratorio de Química y Suelos creado desde 1961 ha brindado análisis físicos, químicos y mineralógicos de suelos y sedimentos de las muestras que envían los Proyectos Arqueológicos-Paleontológicos del INAH e instituciones gubernamentales que lo solicitan mediante oficio. Las líneas de investigación son: 1) Reconstrucción del paleoambiente del lugar por indicadores arqueobotánicos, arqueozoologicos, tefras, microfósiles, capas indicadoras de eventos paleoclimáticos, paleoecológicos y de actividad humana. 2) Contribuir al conocimiento, investigación, conservación y difusión del estudio de Suelos y Paleosuelos de la República Mexicana. Los logros obtenidos se concretan en publicaciones como 'Tlapacoya: 35,000 años de historia del Lago de Chalco'; 'El escenario Geográfico' Los suelos de la República Mexicana, y 'Rancho 'La Amapola', Cedral'; colaboraciones en eventos académicos nacionales e internacionales y artículos e informes técnicos y científicos sobre análisis de los suelos y sedimentos. Se realizan un catálogo de imágenes de microfósiles, diatomeas, ostrácodos y minerales. Se colectaron muestras del AIFA, para conocer el paleoambiente del sitio. La Cuenca de México por su diversidad geológica geomorfológica, sedimentológica, de suelos y climas que se presentan, se emplea como ejemplo de reconstrucción del paleoambiente. Por su cronología de eventos se incluye a Tlapacoya por su datación. Las salidas al campo tienen una estrecha relación entre las líneas de investigación, la Arqueología y el paleoambiente; permiten contrastar las hipótesis que ayudan a comprender los procesos de génesis, morfología y clasificación del suelo. Los retos identificados es el tiempo del procesamiento de las muestras, no contamos con equipo moderno, se suple con técnicas y material que se tiene desde el origen del Laboratorio, que con lleva a procedimientos por vía húmeda, y requieren más tiempo. Conforme se desarrollan éstas temáticas de investigación, se actualiza y modifica la tendencia de la descripción hacia el estudio multidisciplinario y analítico, con nuevas técnicas como microscopía electrónica, análisis elemental de barrido; difracción y espectometría de rayos X, además de estudio micromorfológico del suelo para diferenciar sus procesos y evolución; queda pendiente los estudios detallados actuales, de la zona lacustre en sus diferentes facies (Tepexpan, Mexibus IV y AIFA). Los suelos y paleosuelos de la Cuenca de México (Copilco). Los indicadores, microfósiles y minerales presentes en sedimentos y suelos. Debe agregarse el tema de cartografía para localizar los sitios con mayor precisión y definir los planos correspondientes a la geología, geomorfología, vegetación, suelos e hidrología. Gran parte de este trabajo se realiza con imágenes satelitales.