Diego Prieto Hernández posee una amplia trayectoria como profesional al servicio de la institución. Estudió antropología social en la Escuela Nacional de Antropología e Historia (ENAH). Tiene estudios de maestría en ciencia política por la Universidad Nacional Autónoma de México y, en ciencias antropológicas por la UAM-I.

De 1995 a 2000 fue director del Centro INAH-Querétaro. Entre 2012 y 2013 fue coordinador académico de la línea de investigación sobre pueblos indígenas y procesos socioambientales, dentro del Proyecto Etnografía de las Regiones Indígenas de México en el Nuevo Milenio. De 2013 hasta su nueva designación fue Coordinador Nacional de Antropología.

En el ámbito académico ha sido profesor-investigador de la ENAH y del Centro INAH-Querétaro; coordinador y director de diversos proyectos de investigación y director de tesis. Ha impartido diversas conferencias y talleres en seminarios, coloquios y simposios. 

El antropólogo es miembro de la red nacional temática de investigación Etnoecología y patrimonio biocultural, reconocida por el Conacyt.

Ha recibido, entre otros, el premio Manuel Gamio al mejor trabajo de investigación y planeación estratégica en el área de Planeación Estratégica y Gestión del Patrimonio Cultural (2010).