El programa Nacional Etnografía de las regiones indígenas de México, es fruto de una política de investigación basada en proyectos colectivos y de alcance nacional, impulsado por la Coordinación Nacional de Antropología (CNAN) y especialistas de diversas áreas del INAH desde 1999. En este programa se articulan los resultados de investigación generados en materia de población indígena en distintas regiones del país. En el programa participan investigadores especializados en áreas tales como etnología, antropología social, etnohistoria y lingüística, adscritos a diversos centros de trabajo del Instituto. Durante el desarrollo del Programa se han trabajado 11 líneas de investigación: Estructura social y organización comunitaria; Territorialidad, santuarios y ciclos de peregrinación; Relaciones Interétnicas e identidad; Sistemas normativos, conflicto y nuevas tendencias religiosas; La migración indígena, causas y efectos en la cultura, en la economía y en la población; Procesos rituales, cosmovisiones y mitologías; Chamanismo y Nahualismo; Patrimonio biocultural de los pueblos indígenas de México y Pueblos indígenas y procesos socioambientales, y Pueblos indígenas: desigualdades, discriminación y relaciones interculturales. A la fecha el programa se ha desarrollado en cuatro grandes etapas, marcadas por distintas fechas, a saber: 1ra. etapa del 1999-2005, 2da. etapa 2005-2009, 3ra. etapa de 2009-2015 y 4ta. etapa 2015-2018. En este periodo han participado en total 34 equipos regionales y su trabajo ha permitido generar poco más de 80 investigaciones, más de 30 seminarios y cerca de 300 artículos.