Los primeros científicos que iniciaron la exploración académica de Bolonkin fueron Pierre Becquelin y Claude Baudez en 1977. Ellos elaboraron un mapa general de la región y recolectaron cerámica de superficie, todo lo cual fue publicado en 1982 en su obra sobre Tonina. En 1987, durante los trabajos de pavimentación del camino Temo-Yajalón, que cruza a un costado del montículo de la planicie, se hallaron tres yugos, uno con glifos incrustados de concha, el ingeniero Gildardo Morales, llevó los yugos al cronista del pueblo de Venustiano Carranza, Chiapas, Juan María Morales Avendaño. En 2004 se publicó el estudio del texto glífico por Thomas Lee y Alejandro Sheseña (Sheseña y Lee 2004: 127). En los primeros días de enero de 1998 fue denunciada a través de la Subsecretaría de Gobierno de Chiapas la existencia de templos y tumbas arqueológicas saqueadas en el sitio de Bolonkin. El INAH, a través del arqueólogo Alejandro Tovalín Ahumada, inspeccionó el sitio y reportó que en la cima del cerro había dos criptas funerarias abiertas y saqueadas. Los aplanados de estuco de los muros internos conservaban pinturas a línea de color rojo con imágenes de divinidades y un glifo calendárico introductorio; todas ellas estilísticamente pertenecientes al Clásico Tardío. Desafortunadamente, el sitio no se protegió en esa época. Paralelamente, y como parte de su Proyecto Maya Esteem, el geógrafo norteamericano Eric Samson estuvo llevando a cabo de 1999 a 2007 varias visitas a Bolonkin sin mediar permiso alguno del INAH con el propósito de inspeccionar el estado del sitio y planear estudios sobre el mismo. Evidenció nuevos pozos de saqueo; de hecho, de uno de esos pozos provino una estela erosionada del Clásico Tardío fotografiada por el mismo Samson en 2001. En 2003, Chloe Andrieu y Robert Tamba, colaboradores de Samson, sin mediar autorización del INAH, localizaron un nuevo túnel de saqueo que conducía a otra cripta con más restos de murales del Clásico Temprano en relativamente buen estado de conservación. Las fotos tomadas fueron exhibidas por vez primera en marzo de 2004 en the Maya Meetings de Texas y luego se publicarían en la revista MEXICON. En 2013, Tovalín y Sheseña presentan ante al Consejo de Arqueología un proyecto de investigación para Bolonkin, el cual fue aprobado. En breves temporadas de campo de dos semanas realizadas en 2014 y 2015 se lograron reubicar las dos criptas visitadas en 1998, lográndose estabilizar los restos de aplanados con decoraciones en rojo que se encontraban en mal estado de conservación por haber estado abiertas 15 años, después de los cuales, los pozos de saqueo abiertos para llegar a las referidas criptas fueron rellenadas en años recientes. El actual proyecto ha comenzado el levantamiento topográfico de la mitad este de la cima, lugar de ubicación de las criptas y terreno en donde se nos ha permitido trabajar por sus propietarios. También se han localizado otras dos criptas más, una (N° 3) parcialmente destruida en su extremo norte y la cripta 4, prácticamente destruida. Las dos más conservadas fueron excavadas recuperándose teselas de jade, espinas de mantarraya y fragmento de cerámica. En 2016 no fue posible llevar a cabo la temporada de campo por existir una riesgosa situación político-social en la región de Chilón, por lo que, hemos postergado la tercera temporada de campo hasta inicios de 2018. La tercera temporada de pretendió realizar entre el 9 y 27 de enero de 2018, sin embargo, el día once fuimos agredidos con armas de fuego, por lo cual se suspendió el trabajo. Se retomará la temporada en cuanto haya garantías de seguridad para trabajar en la región.