En el Proyecto del Laboratorio de Arqueobotánica, se lleva a cabo la identificación de material arqueológico de origen vegetal, que son recuperados en diferentes sitios arqueológicos de la República Mexicana. Las actividades comprenden análisis de restos de semillas, frutos, madera (carbonizada y no carbonizada), fibras diversas (textiles, códices, cordelería, cestería), granos de polen, esporas, fitolitos y gránulos de almidón. Cada tipo de material estudiado implica la aplicación de diversas técnicas de laboratorio que conducen a su identificación por parte de los investigadores especialistas y esto lleva a las interpretaciones pertinentes que complementan diversos proyectos arqueológicos. Los materiales trabajados se integran a la colección arqueobotánica para consulta e investigación de proyectos adicionales.