Desde su inicio en 1993, como Proyecto Arqueológico Cantona, el programa de investigación arqueológica en esta ciudad prehispánica ha tenido como objetivo primordial comprender y explicar el desarrollo social, político, económico y cultural de Cantona mediante la exploración, excavación, consolidación y reintegración de conjuntos arquitectónicos que integran la ciudad y mediante la prospección del sitio arqueológico y su área de influencia inmediata, parte norte de la Cuenca de Oriental. Hasta la fecha, con el análisis de los materiales culturales recuperados en las distintas actividades desarrolladas, se ha establecido una secuencia temporal y cultural; se han identificado elementos que podemos denominar "tipicos de la Cultura Cantona" y se ha definido su área de influencia dentro de la porción norte de la Cuenca de Oriental, así como los sitios con los que mantuvo relaciones.