El Proyecto Especial Cantona inició en el año de 1993 con el nombre de Proyecto Arqueológico Cantona y desde entonces ha tenido como línea de investigación el conocimiento del desarrollo social, político, económico y cultural del antiguo asentamiento de Cantona, mediante la exploración, excavación, consolidación y reintegración de conjuntos arquitectónicos de diferente clase que conformaron esta ciudad antigua y también por medio de la prospección y mapeo del sitio arqueológico, además del reconocimiento de su área de influencia inmediata, básicamente la parte norte de la Cuenca de Oriental. Hasta la fecha, con las exploraciones realizadas y el análisis de materiales culturales recuperados en las diferentes actividades que se han llevado a cabo, se ha establecido una secuencia temporal y cultural, identificando tipos cerámicos distintivos y diversos elementos que se puede señalar formaron parte de la "Cultura Cantona", además de definir el área de influencia que este asentamiento tuvo en su entorno cercano de la Cuenca de Oriental, así como sitios más lejanos con los que mantuvo relaciones. Como pendientes relevantes a corto plazo se tiene el mantenimiento de los conjuntos restaurados, pues a más de 25 años algunos sectores lo requieren con urgencia; asimismo, con base en la regularización de documentación acerca de la propiedad del INAH del sector sur del sitio, que contiene el área de visita pública, generar, en conjunto con las comunidades y propietarios vecinas, condiciones que favorezcan la conservación y protección del sitio, toda vez que ha sufrido impacto de diverso tipo durante los últimos años.