Con el nombre de Proyecto Arqueológico Cantona, inicia en el año de 1993 el actual Proyecto Especial Cantona. Desde ese momento ha tenido como línea de investigación el conocimiento del desarrollo sociopolítico, económico y cultural del antiguo asentamiento de Cantona, mediante la exploración, excavación, consolidación y reintegración de conjuntos arquitectónicos de diferente clase que conformaron esta ciudad antigua y también por medio de la prospección, muestreo y mapeo del sitio arqueológico, además del reconocimiento de su área de influencia inmediata, correspondiente a la parte norte de la Cuenca de Oriental, Puebla. Hasta la fecha, con las exploraciones realizadas y el análisis de materiales culturales recuperados en las diferentes actividades llevadas a cabo, se ha establecido una secuencia temporal y cultural, identificando tipos cerámicos distintivos para cada etapa, así como diversos elementos que se puede señalar formaron parte de la "Cultura Cantona"; igualmente se ha definido el área de influencia que este asentamiento tuvo en su entorno cercano de la Cuenca de Oriental, además de los vínculos que tuvo con sitios más lejanos. Como pendientes relevantes a corto plazo se encuentra la regularización de documentación sobre la propiedad del INAH de 349 hectáreas del sector sur del sitio, en donde se concentra el mayor volumen de construcciones y contiene también el área de visita pública y de servicios, esto serviría para trabajar en conjunto con las comunidades y propietarios vecinos y por supuesto para dar certidumbre jurídica y condiciones que favorezcan la conservación y protección del sitio, toda vez que de manera constante se padecen impactos de diversa clase.