Desde 2003 el Instituto Nacional de Antropología e Historia, ha dado seguimiento a los problemas de conservación que presenta el Templo de La Serpiente Emplumada. A la par se han desarrollado investigaciones arqueológicas que han contribuido en mucho al conocimiento de la sociedad teotihuacana. Durante varias temporadas se han desarrollado una serie de trabajos como parte de la estrategia planteada para la conservación del edificio y del resto de los elementos arquitectónicos que conforman el complejo arquitectónico de la Ciudadela. Los avances en cuanto a la conservación han sido significativos a pesar de que no se han concluido los trabajos de conservación, consistentes básicamente en la rehabilitación del sistema de drenaje y la restitución de los pisos de los conjuntos 1D y1E ubicados al norte y sur del edificio. Se ha observado un mejor control de las condiciones a las que se encuentra expuesto el edificio y se tiene un registro que el deterioro que presentaba hace años no es tan intenso. Los trabajos de investigación arqueológica ha posibilitado abordar aspectos académicos de gran relevancia incluyendo los sistemas de producción agrícola en fases tempranas, el desarrollo de un primer santuario ubicado bajo La Ciudadela y el hallazgo y exploración del túnel bajo el templo de La Serpiente Emplumada; hallazgo sorprendente no solo por la enorme cantidad de materiales recuperados (alrededor de 100 000 objetos) sino por la importancia que tienen para comprender aspectos de la ideología, la cosmovisión mesoamericana y las estructuras de poder en la antigua ciudad de Teotihuacán. Miles de objetos se han logrado restaurar y miles mas se encuentran en proceso de conservación, identificación, catalogación y estudio. Este proyecto ha recibido la distinción de la academia de ciencias sociales de China como uno de los mayores descubrimientos a nivel mundial en 2015. Este proyecto de investigación y conservación es continuidad de los trabajos desarrollados en 2016 bajo el nombre de Proyecto Ciudadela