El museo cuenta con una colección mixta de más de 3 mil piezas (paleontología, arqueología, etnográfica, pintura de caballete, artes decorativas, objetos científicos, libros, documentos, fotografía, destacan los textiles que datan del siglo XVIII a principios del siglo XX). La colección se fue conformando principalmente por donaciones y algunas piezas en préstamo comodato de particulares y del Instituto Cultural de Aguascalientes del gobierno del estado. Alrededor del año 2000 por no tener un espacio para almacenar la colección en el propio museo, se traslada al Centro INAH Aguascalientes, en donde estuvo por más de 10 años en condiciones de seguridad y conservación poco adecuadas que generaron algunos daños a los bienes culturales. En el 2011 con el apoyo de la Coordinación Nacional de Obras y Proyectos y el Programa de Empleo Temporal de SEDESOL, se logra adaptar en el propio museo un espacio para el almacén de bienes culturales. Durante el segundo semestre de 2012, 2013 y parte del 2014 se fotografía, embala y se traslada la totalidad de la colección al nuevo almacén. A la par que se realizaban las labores para el traslado de la colección, se gestionó el apoyo para restauración de algunas piezas, lo que se ha logrado con la colaboración de la ENCRyM y el área de restauración del Centro INAH Aguascalientes. Tener la colección completa en un solo espacio es un logro importante para el museo, sin embargo falta aún mucho por hacer, pues se debe de organizar y almacenar de forma correcta, así como registrarla y hacer labores de conservación preventiva que garantice su preservación y disposición para su uso en investigación y exposiciones temporales y permanentes. Es fundamental que el museo cuente con un recurso propio para la reorganización y conservación preventiva de su colección, ya que en sus más de 26 años de existencia el museo nunca ha tenido un recurso para ello.