Dentro de las actividades que lleva a cabo el área de conservación del Museo, se encuentra el monitoreo y evaluación del estado de conservación de los bienes culturales que conforman la colección del museo, tanto en exhibición como en almacén. Durante los últimos años, se ha hecho evidente el mal estado de conservación que presentan las banderas, guiones y albardones que forman parte de la exhibición permanente del museo. Los materiales de naturaleza orgánica son más propensos a sufrir daños debido a factores externos como son las condiciones de exposición, iluminación, manejo y almacenaje. Algunas de las piezas llevan expuestas por lo menos 20 años, en el 2015 se modificaron algunos soportes de exhibición de las banderas en la sala de Intervención Norteamericana y en el 2022 se modificó la iluminación de una vitrina, dichos sucesos permitieron dar un respiro a los materiales constitutivos de los textiles, sin embargo, estas acciones logran minimizar los factores dañinos a los que se encuentran expuestas las piezas, pero no inciden directamente lo que afecta su estabilidad material. La historia del museo ha ocasionado que los espacios se vayan adaptando al inmueble histórico del ex convento de Churubusco, sin embargo, las limitaciones tanto de los espacios como del presupuesto, no han permitido realizar cambios sustanciales que busquen la conservación de la colección. Si bien, algunos de los materiales constitutivos de la colección han alcanzado cierta estabilidad, lo que les permite continuar en exhibición, esto no quiere decir que las piezas presenten el mejor estado de conservación. En específico, la colección textil, tanto la que se encuentra en almacenamiento, así como en exhibición, debido a su naturaleza orgánica se vuelve más vulnerable al deterioro y por lo tanto es necesario llevar a cabo procesos de restauración cuyo objetivo sea el de frenar los mecanismos de deterioro, minimizar los daños, eliminar intervenciones anteriores, mejorar las condiciones de exhibición y prolongar su permanencia.