Como antecedente se cita al Proyecto Atlas Arqueológico Subacuático, presentado como uno de los proyectos de investigación del entonces Departamento de Arqueología Subacuática, que en 1980-81 inició trabajos de gabinete. De igual forma, se llevó a cabo el primer proyecto de investigación en este tipo de aguas a través de dos temporadas de campo en 1981-82 en el Manantial de la Media Luna en San Luis Potosí. Entre los objetivos de dicho proyecto estaban: a) Conocer el universo de estudio y su potencial arqueológico, tanto en los cuerpos de agua del interior de la República y sus costas, como en los sitios arqueológicos mar adentro. Este objetivo se planteó con el fin de conocer los cuerpos de agua existentes en la República Mexicana, principalmente aquellos cercanos a sitios arqueológicos en tierra, o asociados a contextos o materiales arqueológicos. Asimismo, se programó una etapa posterior para situar sitios mar adentro, fundamentalmente naufragios. De toda la información que se lograría recabar, se haría una selección con base en propósitos determinados, para así ubicar los sitios que presentaran mayores probabilidades de potencial arqueológico y entonces elaborar los proyectos de investigación correspondientes. b) Incluir al Atlas Arqueológico Subacuático como complemento del Atlas Arqueológico General de la República Mexicana del Instituto Nacional de Antropología e Historia. Entonces se consideró (y esta consideración sigue vigente) que si una de las necesidades y propósitos del INAH es lograr que todos los sitios arqueológicos del país estén registrados en un Atlas Arqueológico General, es de vital importancia que dicho Atlas incluya al Patrimonio Cultural Subacuático, ya que de otra forma seguiría estando incompleto y el patrimonio sumergido quedaría aún más expuesto al saqueo y a la destrucción. Al integrar esta porción de legado cultural de la Nación en el Atlas, los sitios arqueológicos que se encuentran en medios acuáticos podrían ser protegidos e investigados por el personal autorizado y capacitado para ello. A partir del año 2000, a través de la Subdirección de Arqueología Subacuática se inició el Proyecto Atlas Arqueológico Subacuático para el registro, estudio y protección de los cenotes y cuevas inundadas en la Península de Yucatán, mediante el cual se han desarrollado actividades en torno a la reconstrucción paleoambiental de la región, además de integrar la información para el estudio de sus primeros pobladores, la civilización maya y su vínculo con el agua y el inframundo, y por supuesto, otras etapas importantes como la Guerra de Castas. En este sentido, se ha trabajado con el fin de aportar nuevos datos para la comprensión de los grupos humanos de la península de Yucatán en sus diferentes momentos históricos, logrando la incorporación de los resultados de dicha investigación a la Dirección de Registro Público de Monumentos y Zonas Arqueológicas del INAH mediante el registro de 46 contextos que involucran patrimonio cultural sumergido en cenotes, cuevas inundadas y semi-inundadas, información que ha sido además difundida tanto a nivel académico, como a través de diversos medios impresos, masivos y electrónicos. Entre otros aportes al estudio del Patrimonio Cultural Subacuático en aguas continentales, la Subdirección de Arqueología Subacuática ha identificado e investigado contextos paleontológicos, arqueológicos e históricos en regiones como el Altiplano Central, destacando los trabajos en el Manantial de la Media Luna, en San Luis Potosí, el Lago de Tequesquitengo en Morelos y el Nevado de Toluca en el Estado de México.