El proyecto afronta diversos desafíos teórico-metodológicos, en sucesivas fases o etapas de la investigación. Parte de la localización e identificación de vestigios arqueológicos de las naves ibéricas del siglo XVI, lo que supone realizar la exploración sistemática y específica del mar frente a la costa de la región de Villa Rica. Posteriormente, una vez se hayan localizado rasgos arqueológicos que potencialmente correspondan a los contextos que interesan al proyecto, es necesario verificar que efectivamente guarden congruencia con los materiales y la disposición contextual esperables para un sitio de naufragio de una nave ibérica de pequeño-mediano porte del siglo XVI. Finalmente, se desarrollará la investigación intensiva e individual de los sitios arqueológicos identificados como probablemente correspondientes a las "naves de Cortés".