En 1966 se iniciaron los trabajos del Proyecto de Arqueología y Ecología Humana en el Valle Central de Oaxaca, conducido por Kent V. Flannery y sus asociados, explorando localidades como Huitzo, San José Mogote y el Valle de Tlacolula, especialmente sus cuevas prehistóricas como Guila Naquitz. Durante quince años duró tal iniciativa, en la determinación de la antigüedad y vida del hombre prehistórico y del Pleistoceno en Oaxaca. Ya en San José Mogote, algunos de sus edificios monumentales fueron develados y expuestos y después dejados al garete y al azar. No es sino hasta 1994, en que el INAH por intermediación de Joaquín García Bárcenas, Enrique Nalda, Alejandro Martínez Muriel y Carmen Serra Puche que establecieron la meta de adquirir la mayor parte de las 45 ha. del núcleo constructivo monumental y con ello la Plaza Principal de la zona arqueológica, dada la importancia y lo relevante de la localidad, tomando en cuenta que es cuna de la civilización y sedentarización del hombre en los valles centrales de Oaxaca, por la vía de la agricultura de riego, hace ya algo mas de 4000 años. Se le considera a esta zona como uno de los lugares prístinos del origen del Estado Arcaico, además de contar con claras evidencias de un paquete cultural notorio: jerarquización social, división del trabajo, presencia de especialistas artesanos de tiempo completo, arquitectos, astrónomos, guerreros, agricultores, y gobernantes sacerdotes, así como el comercio e intercambio regional y de larga distancia con la región nuclear olmeca, la costa del pacífico. Cabe añadir que se cuenta con claras evidencias de la más temprana muestra de escritura calendárica para todo Mesoamérica -650 años a.C.-. Es notorio el papel desempeñado de sus linajes en la fundación de Monte Albán y su desarrollo y pervivencia puede establecerse hasta el año 1450 CE. La iniciativa de adquisiciones de predios se malogró con los cambios sexenales y fue suspendida por directores de turno, que nunca entendieron la la importancia de la iniciativa, lográndose tan sólo una tercera parte de los objetivos iniciales y la zona con serios problemas de abandono y mantenimiento.