El objetivo general del Programa es investigar, documentar y divulgar los conocimientos antropológicos y etnográficos, producto del trabajo colectivo realizado en determinadas regiones indígenas de México. El Programa está organizado en equipos regionales que realizan investigaciones simultáneas en torno a un eje temático de investigación, como en el caso de la línea de investigación titulada "Los pueblos indígenas de México. Diversidad cultural, discriminación y desigualdad social", que concluyó en diciembre de 2017 y la interlínea "Reflexión de las regiones indígenas de México a dos décadas del Programa Nacional Etnografía de las Regiones Indígenas de México en el Nuevo Milenio". que se abordó en 2018. Para 2019 se tiene considerada la línea: "Etnografía retrospectiva de los pueblos indígenas de México: memoria, historia y contemporaneidad de la alteridad". como un objetivo central, será actualizar los discursos sobre la alteridad en México, de manera que se pueda repensar a los pueblos indígenas en sus condiciones contemporáneas a partir de la identificación de sus devenires, la dinámica con la que se actualizan, la lógica con la que innovan y trazan su futuro. Documentar las particularidades étnicas de la Pamería, la Gran Chichimeca y la Huasteca potosina, como parte de una macroregión interétnica en el noreste mexicano Ampliar, profundizar y actualizar el conocimiento etnográfico de los pueblos y comunidades indígenas de la región de estudio, tanto originarias como migrantes Generar propuestas de discusión teórica a partir de la etnografía y las categorías locales documentadas Formar nuevas generaciones de especialistas en los estudios etnográficos de las regiones Pamería, Huasteca y Gran Chichimeca Difundir los conocimientos y conclusiones de cada etapa del proyecto tanto en el ámbito científico como en los pueblos y comunidades, así como proporcionar información a las instituciones responsables de diseñar y operar las políticas públicas dirigidas a atender a los pueblos indígenas Concluir la línea temática del proyecto y generar productos de difusión y divulgación, así como mayor diálogo e incidencia social en las regiones estudiadas