Durante cinco años, en distintos meses y siguiendo cinco derroteros logró casi completar la visita por toda su jurisdicción eclesiástica. El testimonio documental de esta visita se conserva actualmente disperso en diferentes repositorios documentales y son conocidos como los libros de visita pastoral de Francisco de Aguiar y Seijas. Libros que constituyen una riquísima fuente documental para conocer el estado material y eclesial de este territorio eclesiástico en las postrimerías del siglo XVII. Un territorio, que como hemos mencionado, era el más grande del imperio español en América. El objetivo de este proyecto es justo hacer la paleografía y análisis de los cinco derroteros de esta visita para, en un primer momento, hacer el análisis que nos permita levantar lo que hemos denominado un geografía espiritual, es decir, una impronta sobre el estado de los curatos, doctrinas, ministros, fieles, devociones, cofradías, jueces, etc., de dicho arzobispado y por otra, ofrecer a la comunidad de investigadores una trascripción modernizada en tanto que dichas visitas pueden ser un instrumento de investigación y consulta para investigadores de diversas disciplinas ya que ofrecen una enorme riqueza de información no sólo de las iglesias locales que el arzobispo visitó, sino además, como todos los libros de visita, una instantánea sobre las condiciones materiales de la feligresías, su población, lengua y costumbres ortodoxos o heterodoxas. Y por último, pero no menos importante, para saber cómo fue configurado Trento en esta jurisdicción. Es decir, como las normas prescritas en este concilio fueron asimiladas y cómo se vivían en esta iglesia local. Mencionamos que haremos una geografía espiritual en virtud de que el libro de visita es una fuente serial en tanto que proporciona datos homogéneos, repetibles y cuantificables. En el caso de los libros de visita invariablemente los notarios eclesiásticos anotaban el nombre de la parroquia, su advocación, la lengua (castellano, mexicano, pame, huateco, tepehua, matlazinga) en se administraba, el número de ministros a cargo y residentes, así como si eran del clero secular o regular; asimismo se describía el estado de la fábrica material y espiritual de la feligresía. En el primer caso se asentaba por ejemplo, cómo se encontraba la construcción de la iglesia y las condiciones del bautisterio, la pila bautismal, los retablos y la sacristía. En el caso del "estado espiritual" el notario señalaba el número de cofradías, el estado de sus cuentas y las reconvenciones hechas por el prelado a estas asociaciones piadosas. Del mismo modo anotaban al final de la visita el denominado auto de visita en donde se señalaba las faltas observadas por el prelado en dicha feligresía. En este apartado particularmente se describían las faltas cometidas contra el dogma o disciplina eclesiástica como la embriaguez, los fieles que vivían en amasiato, los excesivos gastos cometidos en las fiestas patronales y el maltrato o la mala conducta del cura párroco. Dado entonces que contamos con todos estos datos podemos realizar una geografía espiritual entendida ésta como la descripción puntual de los espacios, de la calidad de los fieles, de los tiempos y de las prácticas religiosas, así como del personal eclesiástico en determinado tiempo y jurisdicción.