Si bien la apertura al público de Pahñu puede ser considerado el resultado más vistoso del trabajo realizado hasta este momento, en ningún momento se ha considerado como el fin último del Proyecto. Las distintas temporadas de excavación, así como la prospección sistemática regional han aportado gran cantidad de información que permite una mejor comprensión de la cultura xajay, desde su cosmovisión y la ocupación del espacio en el paisaje sagrado, hasta aspectos más concretos como sus técnicas constructivas, su organización social y distintos aspectos de la vida cotidiana. Las investigaciones realizadas hasta la fecha por el Proyecto Especial Pahñu han permitido mostrar a los xajay como una sociedad compleja con características propias. Su zona de asentamiento, en la frontera de Mesoamérica, implicó relaciones con los grupos de nómadas del norte y con las grandes culturas del sur. No obstante, existen diferencias marcadas entre ellos. No hay duda de que los xajay tienen una complejidad organizativa mayor que la de los grupos cazadores recolectores chichimecas que funcionaban como grandes bandas. Quizá llegaron a operar como jefaturas basadas en lazos de parentesco o tal vez desarrollaron estructuras políticas más sofisticadas, sin embargo, también está claro que no alcanzaron los niveles de centralización y control estatales que mostraron sus vecinos del sur, los teotihuacanos. El rasgo más evidente de que los xajay constituían una sociedad compleja es la construcción de sus centros ceremoniales, con varias estructuras y plazas orientadas astronómicamente con precisión y en los bordes de unas mesetas cuya superficie debió ser adaptada y nivelada. Los conocimientos yla cantidad de mano de obra que se requirió para esta tarea no pudo haber sido realizada sin una estructura jerárquica estable capaz de organizarla y comandarla. Se han reconocido por separado sitios en tres zonas que compartían rasgos comunes identificados con la Cultura Xajay. En el estado de Querétaro, el sitio ceremonial del Cerro de la Cruz en San Juan del Río, emplazado sobre una meseta orientada, es el más septentrional de los sitios localizados a lo largo de la cuenca alta del río San Juan. Los otros sitios de la cuenca del Río San Juan son Santa Lucía, Santa Rita, Muralla Vieja y San Sebastián, los cuales también se encuentran localizados sobre mesetas alargadas y angostas, rodeadas de cantiles delineadas por ríos en este caso el San Juan y sus afluentes (Saint-Charles Zetina, 1993: 17). También se han detectado áreas de actividad xajay al norte del Río San Juan, en Peña de Bernal. En el Estado de México, la ocupación y desarrollo de Tixhiñú y de los sitios localizados en el valle de Acambay pudo darse como consecuencia de la expansión ocurrida hacia el Epiclásico y los movimientos de poblaciones en los inicios del Posclásico, que afectaron a los grupos xajay. Al igual que en los sitios de Hidalgo y Querétaro, en esta zona se han encontrado vasijas y tiestos del tipo Rojo Inciso Poscocción Xajay, lo cual permite pensar que los sitios pertenecían a un área geográfica más integrada. Por último, en el estado de Hidalgo, los sitios de Pahñu, Zethé, Zidada, Cerrito y Taxangú, se encuentran distribuidos en los extremos septentrionales de una meseta de toba volcánica. Los Xajay ocuparon Pahñu, su centro ceremonial más importante, durante al menos 500 años. En ese lapso, se registraron dos momentos constructivos. El primero de ellos ligado a la fundación y al uso de los primeros edificios del sitio. En este período, que abarcó desde 350 a 500 d.C., los habitantes de la zona xajay mantuvieron un sistema de supervivencia propio, basado en la obtención de los recursos necesarios gracias al conocimiento del medio ambiente semidesértico que dominaban. Esta situación de independencia les permitió desarrollar un sistema propio en el que las características de su arquitectura y utensilios tuvieron elementos que los distinguían de las culturas vecinas contemporáneas (Centro, el Occidente y la Sierra Madre Oriental). Prueba de ello son, entre otros, los estilos cerámicos y la baja presencia de obsidiana verde. Lo anterior no debe ser entendido como un aislamiento, pues se sabe que mantenían contacto tanto con los grupos sin asentamientos permanentes que se dispersaban hacia el norte, como con los núcleos de poder del Centro de México.