Las excavaciones en Pahñu (1995-1996), se concentraron en la Estructura Principal, denominada en aquel entonces Templo Mayor, y en el Tecpan, nombrado Templo de Tlaloc. Los resultados de las primeras excavaciones en Pahñu permitieron identificar dos momentos constructivos para el Templo Mayor y tres para el Templo de Tlaloc. La cronología pudo afinarse al obtener fechamientos por arqueomagnetismo de muestras de pisos quemados del Templo Mayor. Los resultados colocaron a la Subestructura como un evento de principios del siglo VI dne. (López Aguilar, 2006: 36). Específicamente se determinó que los pisos se quemaron en el año 512 dC. (Soler, 2006:59). Durante la temporada de 2007 en Pahñu se dio prioridad a la estabilización de las estructuras. Se utilizaron técnicas y materiales nuevos, entre los que se incluyeron la sustitución del uso de cemento por una mezcla elaborada con cal química, tierra de la región conocida como pejay, y mucílago de nopal. Además, se cambiaron las rajuelas por mezcla con profundidades distintas para producir un juego de sombras que permitiría distinguir perfectamente entre elementos originales y reintegrados. A la par se consolidaron las calas excavadas para presentarlas como ventanas arqueológicas (López et al., 2007:5) y se realizó el registro más de cien petrograbados al interior de Pahñu. En las temporadas de 2011 y 2012 se priorizaron todos los aspectos relacionados sobre el conocimiento de Pahñu para su apertura al público. Las excavaciones se llevaron a cabo en prácticamente todo el conjunto Principal, conformado por dos edificios alrededor de una plaza, y una estructura rectangular que cierra el acceso por el sur. Todos estos elementos se encuentran desplantados sobre la superficie de la meseta, que a su vez fue adecuada para la colocación de los primeros edificios "Subestructuras" sobre una plaza. A partir de la inauguración del sitio, que se llevó a cabo de manera exitosa el 20 de noviembre de 2012, se realizaron excavaciones en puntos específicos que ayudarían a completar la historia de ocupación de Pahñu, así como en el análisis de sus materiales cerámicos y líticos. Con ello se obtuvo desde la parte arquitectónica, cronológica, y desde los materiales, el conjunto del desarrollo en Pahñu. Los siguientes años (2013-2017) se han realizado labores de mantenimiento mayor en el sitio con la finalidad de mantener las áreas abiertas al público en el mejor estado posible y cuidando los originales.