La Misión de San Vicente ha sido excavada en dos ocasiones: una en 1980, por parte del finado ingeniero Martín Barrón -posiblemente sin permiso del INAH- de la cual se hizo una publicación de los resultados, pero de una manera muy somera. En el año 2000, el arqueólogo César Manuel González Mendoza excavó varias zonas de las que se hipotetizaba la función, y exploró varias áreas en las que recuperó material que fue publicado en un informe. No obstante, años después aparecieron tres cajas de tiestos en bolsas etiquetadas, que no fueron incluidas en el informe.