A inicios del siglo XVII, llegaron diferentes congregaciones religiosas y fueron conformando una vida religiosa importante en esta región. En cada una de las iglesias se fueron afirmando las cofradías que eran congregaciones o hermandades que formaban algunos devotos con autorización eclesiástica para ejercitarse en obras espirituales y materiales. El aislamiento de más de dos siglos en la Villa de Colima, y la poca atención que tuvieron los virreyes hacia Colima engendraron tal desorganización que ya para el último cuarto de siglo XVIII había adquirido matices muy peligrosos tanto en la parte administrativo como religiosa a lo cual desarrollaremos en el transcurso de la investigación y análisis.