Derivado de fenómenos meteorológicos que se presentaron en el Estado de Baja California Sur, durante los años 2013 (tormenta tropical Juliette) y 2014 (huracán Odile); el inmueble identificado como la Misión de San José de Comondú presentó diversos daños a consecuencia de las fuertes lluvias y vientos provocados por dichos fenómenos meteorológicos. Cabe señalar que se han instrumentado las gestiones correspondientes a fin de obtener la indemnización de daños por siniestros, por lo que se cuenta con tres registros de siniestros identificados con el número 6796/2013 y 9147/2014; así como los expedientes debidamente integrados, incluyendo los convenios de indemnización (con el monto conciliado) suscritos por las autoridades correspondientes del INAH y por los representantes de la compañía aseguradora. Datos históricos. Los referentes históricos sobre la fundación misional de San José de Comondú datan del siglo XVII, con las primeras expediciones encabezadas por el almirante Isidro de Antonio y Antillón y el padre Eusebio Francisco Kino en el año de 1684. Posteriormente este lugar fue visitado por los padres Juan María Salvatierra, Juan de Ugarte y Julián de Mayorga. Este último fue el responsable de fundar la misión en el año de 1708. El padre Mayorga permaneció al frente de la misión de San José hasta su muerte en 1736, año en que se trasladó a otro lugar en donde el padre Francisco Javier Wagner inició la edificación del nuevo templo. Esta nueva obra quedó concluida hasta el año de 1762 bajo la dirección del padre Franz Inama. El templo original de esta misión fue el más grande de todos los construidos en California. Su planta arquitectónica era de tres naves. En las primeras décadas del siglo XX fue dinamitada para construir con el material obtenido la escuela de la localidad y una residencia particular. Esta edificación que ahora se puede observar era un anexo que probablemente sirvió de habitación a los primeros misioneros. La construcción que se conserva es utilizada como iglesia parroquial de la comunidad de San José de Comondú. Esta pequeña construcción se encuentra edificada con piedra de la región y cal de concha, a base de mampostería para cimientos y muros con techo de bóveda de cañón corrido orientada en dirección oriente-poniente. En los dinteles de las puertas laterales se encuentra el monograma de los jesuitas IHS tallado en piedra. El principal deterioro se presentó en la cubierta, a causa de las constantes lluvias, se observa pérdida y desgaste del entortado así como de la impermeabilización (jabón y alumbre) ocasionando filtraciones al interior del inmueble.