La colección que se encuentra en exposición permanente consta de 341 piezas de diversos materiales y técnicas, cerámica, lítica, textiles, pinturas, esculturas, documentos gráficos, hueso, madera y metales. El acervo se divide en doce salas, en la planta baja se encuentran las dos primeras salas, conteniendo la mayor parte de la colección arqueológica y en la planta alta se localiza el desarrollo entre la época de contacto y Michoacán independiente. Se ha realizado la revisión de la obra en exposición permanente, una parte fue restaurada durante la reestructuración, por lo que su estado de conservación es bueno, sin embargo, algunas piezas presentan indicios de deterioro por las condiciones de las salas, y otras piezas, que no fueron intervenidas presentan detalles que es necesario atender. Como resultado de la revisión se ha determinado que es necesario intervenir veintisiete piezas de las salas de exposición, incluyendo dos caballetes de grandes dimensiones. Es necesario intervenir de igual forma cinco pinturas murales. Las tareas de conservación preventiva que es necesario realizar son, la eliminación de humedad y sales en salas uno y dos, auditorio y primer patio, colocación de barreras contra insectos y contaminantes, así como, corrección de desalojo de agua de balcones, además de la consolidación de encalado de entrevigado, el fijado y aseguramiento del acceso a la sala siete, y finalmente la corrección de las luminarias.