Actualmente el Museo Regional de Antropología Palacio Cantón, cuenta con un programa continuo de exposiciones temporales debido a que su colección permanente salió del Museo en calidad de comodato al Gran Museo del Mundo Maya de Mérida. En las exposiciones temporales se han considerado algunas de las 19,500 piezas que conforman el acervo a resguardo del Museo. Sin embargo, dichas piezas se encuentran en malas condiciones de conservación y casi ninguna de ellas se puede considerar que se encuentren en condiciones expositivas, tal es el caso de la colección de objetos coloniales en las que destacan lítica monumental y las piezas de la colección de arte colonial en madera, de la que ya se han restaurado 9 objetos durante el Proyecto de Restauración de la colección de Arte Colonial en Madera, Palacio Cantón 2013, así como las piezas que han sido estudiadas para conformar el 'Atlas Epigráfico'; piezas que por su valor histórico o arqueológico se están considerando para conformar exposiciones temporales del siguiente año, o la nueva colección permanente del Museo, según es el caso. En otro sentido la colección es constantemente consultada por investigadores de distintas instituciones, los cuales previamente hacen una solicitud a dirección para estudiar ciertas piezas, sin embargo existen piezas que no permiten ser analizadas, ya que fuera de estar en condiciones expositivas no se encuentran estables. Estas piezas se encuentran en un riesgo inminente y constante de deteriorarse aún más, sin requerir una restauración mayor, sino solamente procesos menores de estabilización.