El trabajo arqueológico en la fortaleza ha consistido en excavaciones arqueológicas e investigación documental; los primeros resultados ya se encuentran en once publicaciones y varias ponencias que constituyen el material de dos libros que se encuentran en preparación, en uno se integrarán los resultados de los análisis de materiales arqueológicos localizados en las temporadas de campo, en el otro se hará una valoración de la creación del puerto en el Siglo XVI como elemento fundamental de la historia de México. Las excavaciones han permitido obtener datos sobre varias etapas de la construcción del edificio desde sus orígenes, como la cimentación de 1570 o los sistemas constructivos de los Siglos XVI a XIX, lo cual tiene gran relevancia para el conocimiento técnico y científico de la época colonial por tratarse de un lugar rodeado por agua; por otro lado la localización de la iglesia de 1771 y la casa cural en la cortadura de San Fernando nos permitió conocer aspectos simbólicos y de la vida cotidiana de los habitantes; igualmente, la investigación ha permitido descubrir todas las modificaciones que se verificaron en el inmueble al cambiar su función defensiva por una industrial, a partir de la instalación del Arsenal Nacional de Veracruz durante la época porfiriana. -Durante el tiempo que lleva el proyecto se ha podido conjuntar un importante número de materiales gráficos y documentos coloniales acerca de la fortaleza que conformarán un texto digital que llevará el nombre de: "Materiales para la historia de San Juan de Ulúa"