El Museo Nacional del Virreinato fue inaugurado en 1964 y las colecciones que le dieron origen tuvieron varias procedencias, en primer lugar las obras del propio Colegio de Tepotzotlán que sobrevivieron al saqueo posterior a la última expulsión de los jesuitas, parte de las obras del Museo de Arte Religioso de la Catedral Metropolitana; los objetos excavados en Teotihuacán y que pertenecen al período virreinal; se enriqueció con objetos de la bodega del Castillo de Chapultepec; obras adquiridas a un coleccionista particular; piezas de importancia producto de los rescates; del Museo de la Charrería y objetos rescatados por Salvamento Arqueológico, la Procuraduría y donadores. Por otra parte, la última auditoría realizada por el Órgano Interno de Control constata una diferencia de 5,371 bienes culturales entre los inventarios proporcionados por el Museo (14,758) y la Subdirección de Inventarios (9,387). Vale la pena señalar que existen lotes en el sistema de inventarios, como pueden ser los ternos que están inventariados con el mismo número pero se conforman por varios objetos, también hay piezas que no tienen número de inventario (al menos 87) y por supuesto, las que están dispersas en muchos lugares del país y que además según información reciente de la Coordinación Nacional de Museos y Exposiciones hay museos a los cuales se les prestaron bienes y que hoy en día no existen. Es un hecho que el repositorio de bienes es insuficiente y que no debería funcionar también como taller de embalaje, pues son actividades diversas y que hacer trabajo de taller en un área que debe permanecer limpia es sumamente riesgoso. No obstante, es fundamental acudir a los museos y centros a los cuales se les han realizado préstamos a revisar el estado de conservación de nuestras obras y sustituir algunos objetos o bien, reintegrar al Museo la obra que conforma nuestro acervo.