La colección surge en la segunda mitad del siglo XX cuando Ervin R. Frissell llega a vivir al pueblo de San Pablo Villa de Mitla; ahí adquiere una casa de tipo colonial de aproximadamente el siglo XVIII dónde fundan el Museo de Arte Zapoteco. Es considerada una de las colecciones más importantes del estado de Oaxaca y una de las más ricas de arte zapoteco. Cerca de su muerte Frissell dona todo su acervo, junto con la casa al Instituto México City Collage (hoy Universidad de las Américas) con la condición de que siempre se conservara el Museo en el municipio de Mitla. La colección estuvo bajo su resguardo hasta que en el año 2000, la UDLA decide donar todo el acervo al INAH. Desde entonces, la colección, se encuentra bajo su custodia la cuál se está registrando y catalogando; a la vez que el inmueble se encuentra en restructuración para su reapertura al público. Los objetos de origen orgánico: fragmentos de textiles, sandalias, fibras y mazorcas ingresan a finales de 2015 a la CNCPC para su conservación, debido a la carga de trabajo y poco personal para atenderlo, este año se iniciarán con los procesos de intervención de la colección.