A partir de 2002 se formuló e implementó el Plan Maestro de Restauración Integral del Museo de Guadalupe que favoreció la conservación del conjunto arquitectónico y las diferentes colecciones resguardadas en el recinto. Durante el periodo que comprende del 15 de mayo al 31 de agosto de 2010, dentro de las acciones que contempla dicho plan, se intervino el Claustro Bajo en un área de 545 m2. La intervención contempló el retiró de la celosía de madera de carácter no histórico dictaminado por la Coordinación Nacional de Conservación del Patrimonio Cultural, la cual se reemplazó por un sistema de ventanales de cristales con película inteligente, para la conservación de los 26 lienzos de gran formato de este espacio, que se encuentra en este sitio desde el siglo XVIII. De igual manera se realizaron rehabilitaciones integrales en piso y arcos de cantera que presentaban deterioros avanzados debido a humedades por capilaridad, así como la rehabilitación del espacio con técnicas tradicionales de cal apagada, adecuaciones de instalaciones de iluminación y cedulario. Dentro de estas acciones de igual manera se restaura la obra pictórica de dicho espacio. En la actualidad el Claustro Bajo cuenta con 20 ventanales de cristal con un sistema de película inteligente que protegen el espacio y a los bienes muebles de la intemperie y los rayos UV, la película inteligente se encuentra en estado de deterioro, hoy en día es urgente el reemplazo de dicha película, ya que ha pasado su vida útil y no funciona como elemento de protección. Esta se encuentra colocada de dos formas: la primera está a una cara del cristal de 9 mm lo que hace posible su reemplazo, la cual presenta desprendimientos y craquelaciones, y el otro caso se encuentra en medio de dos cristales de 4 mm, cristal-película-cristal, presentando craquelaciones, burbujas y cambio de coloración, en este último caso dada las condiciones no se puede realizar la remoción de la misma, por lo que se considera la sustitución de estas piezas por cristales de 9 mm y película inteligente a una cara, para su unificación.