En el año 2013, la Coordinación Nacional de Conservación del Patrimonio Cultural, inició la reestructura de los diferentes Programas Nacionales de Conservación ante la importancia de desarrollar acciones planeadas en concordancia con las metas propuestas en el Plan Nacional de Desarrollo. En el marco de dicho trabajo se inició la conformación del Programa Nacional de Conservación de Patrimonio Arqueológico in situ, con el objetivo de impulsar la conservación del patrimonio arqueológico a nivel nacional, con una visión estratégica, a partir de la identificación de líneas prioritarias. Durante 2015 como parte de la construcción del Programa Nacional, se conformó una base de datos de monumentos y sitios arqueológicos a nivel nacional a partir de bases existentes (SUR, Base de datos de Operación de Sitios CNA). De igual manera se elaboró un diagnóstico preliminar del estado de la cuestión de la conservación del patrimonio arqueológico in situ a nivel nacional, a partir del análisis de los mecanismos y herramientas de protección jurídica, distribución de recursos para actividades de conservación por parte de la CNCPC, plataformas existentes para la documentación del patrimonio y sus intervenciones, así como niveles de gobierno y organismos nacionales e internacionales que colaboran en la conservación. En el periodo 2017 a 2019, fue necesario apoyar acciones emergentes de conservación arqueológica e histórica derivadas de los sismos ocurridos en 2017. Durante 2020, los limitados recursos con que contó la CNCPC y las medidas para enfrentar la emergencia sanitaria ante la propagación del virus SARS CoV-2, permitieron solamente atender situaciones urgentes en algunas zonas arqueológicas del país afectadas por siniestros. Durante los ejercicios 2021 y 2022 se retomaron los trabajos de documentación y atención en el marco del Programa Nacional de Conservación de Patrimonio Arqueológico que forma parte del Programa Anual de Trabajo de la CNCPC, con énfasis en la atención a sitios asociados a la ruta del Tren Maya.