En el año 2008 inició el estudio del inmueble que albergó a los jesuitas desde su llegada a Tepotzotlán en 1580 hasta su expulsión en 1767, desde entonces se han estudiado diversos espacios y/o temas del edificio, como la Capilla de Novicios, la obra de Miguel Cabrera en el templo de San Francisco Javier, el Camarín de la Virgen de Loreto, etc. Los avances de investigación han sido presentados en ponencias, conferencias, artículos, capítulos de libro, un cedulario interpretativo y un guion científico para la exposición permanente del Museo de Sitio titulado "Historia del edificio". Estos estudios han dado la pauta para un proyecto más amplio que analice de manera pormenorizada aspectos arquitectónicos, artísticos e históricos del inmueble con el fin de reflexionar sobre el papel que los arquitectos, artistas, mecenas y jesuitas tuvieron en la edificación del inmueble histórico. A pesar de estos antecedentes, el proyecto de investigación no había sido inscrito en el SIP, por lo que en 2020 inicia la primera etapa con una duración de tres años.