Desde sus inicios el proyecto ha estudiado bajo un enfoque biocultural poblaciones con distintos modos de subsistencia a través del análisis de restos óseos, documentos y etnografía de poblaciones contemporáneas de Oaxaca, Tlaxcala, Querétaro, Ciudad de México y Baja California Norte y Sur. Se ha realizado investigación en poblaciones de estas regiones sobre los cambios derivados de la implantación de nuevas tecnologías o las modificaciones medioambientales, así como el impacto que las nuevas formas de organización social han tenido en diferentes aspectos como la salud de las poblaciones o el inicio de especializaciones artesanales, se han estudiado roles sociales y las relaciones de género al interior de las poblaciones, comenzando a prestar más atención en los actores sociales de los grupos humanos e intentando rescatar el papel de actores comúnmente disueltos en las interpretaciones poblacionales como por ejemplo, niños, ancianos y mujeres, ha resultado igual de gran interés el estudio de las costumbres funerarias como un vínculo por medio del cual, partiendo de la muerte se realizan aproximaciones a la vida cotidiana de poblaciones desaparecidas y contemporáneas. De igual manera, ha sido también de gran interés del proyecto, colaborar en diversos espacios académicos con reflexiones acerca de la importancia de la sistematización metodológica de los datos, que permitan contrastar los datos recabados en diferentes poblaciones de diversas partes del país, sobre todo en los estudios de actividad ocupacional. El avance en estas investigaciones y algunas de las reflexiones sobre el tema o resultados se ha presentado en diversos foros académicos nacionales e internacionales, con la finalidad de difundir el avance de las investigaciones y poder comentar los resultados con otros especialistas de manera que se enriquezca el resultado de las investigaciones. Se han asesorado tesistas de licenciatura y participado en exámenes profesionales de temáticas afines al proyecto. Se han elaborado y publicado varios artículos científicos en publicaciones nacionales e internacionales. S han diseñado guiones museográficos y montado exposiciones temporales con la finalidad de difundir algunos resultados de las investigaciones que se realizan en el proyecto pensados en hacer accesible los resultados al público general. Así mismo, se han impartido talleres infantiles con la finalidad de que concientizar a los mismos de la importancia del patrimonio cultural (material e inmaterial), así como difundir las labores rutinarias de la institución.