El principal objetivo del museo es dar significado a los recursos ambientales, naturales y culturales, que fomenten en la comunidad una mayor comprensión o entendimiento de su patrimonio para identificarse con valores perdidos inherentes a su cultura.

Además, otro de los objetivos es provocar entre los visitantes y residentes una mayor responsabilidad y cuidado en la preservación del patrimonio biocultural que puedan identificar como un recurso precioso y también generar conciencia al público visitante que las generaciones actuales estamos construyendo el patrimonio cultural del futuro, no sólo conservando el pasado.

Palizada es un pueblo mágico que conjunta una arquitectura histórica en excelente estado de conservación, enclave de la explotación maderera y ganadera de la región, corazón de un importante nicho ecológico, refugio abierto de numerosos migrantes que han ayudado a construir su diversidad, Palizada es una población única en el país y el mundo.

El museo servirá como espacio difusor de la riqueza natural, histórica, económica y social de esa área, pero también de diversos valores del patrimonio intangible local vivo y actual, contribuirá significativamente para que los pobladores tomen conciencia de sus valores, pero también como centro de difusión turística de la región, ayudando a desarrollar nuevas fuentes de trabajo en el rubro del turismo cultural.

Este espacio hará particular énfasis en la promoción de los valores locales, como centro de difusión e información del patrimonio inmaterial, muy presente en la vida cotidiana de sus habitantes, como la artesanía, gastronomía, tradiciones, leyendas y expresiones artísticas que merecen conocerse y valorarse como parte de una herencia única.

El Museo Palizada se convertirá para los habitantes de la región en un centro de información y difusión de sus valores bioculturales (al conjuntar naturaleza y cultura), pero también en un lugar en el cual los visitantes de la población puedan identificar dónde, cuándo y cómo llevar a cabo muchas actividades vinculadas con uno de los pueblos mágicos de México que se ha caracterizado por una serie de valores únicos e irrepetibles.

El museo, que tendrá un alcance regional al incorporar la importante vinculación entre la Laguna de Términos y los numerosos ríos de la región, entre ellos el Palizada y su comunicación con el Usumacinta, mostrará la riqueza natural, histórica, económica y social de esta gran área geográfica. Además, servirá para complementar la educación de los escolares del municipio, centro de información para los jóvenes y espacio de reunión y esparcimiento familiar. A ello se sumará su capacidad de dar a conocer a los visitantes las posibles actividades que pueden llevar a cabo en el descubrimiento de la región de Campeche con mayor diversidad ecológica y cultural.