Nació en la Ciudad de México el 14 de octubre de 1910. Ingresó en 1931 al Departamento de Antropología Física del Museo Nacional de Antropología como ayudante del doctor Rubín de la Borbolla. En 1936 se le nombró jefe de dicho Departamento, puesto que desempeñó hasta 1953. Las primeras publicaciones de Javier Romero están relacionadas con los entierros prehispánicos hallados en Cholula, Puebla y en la Plaza del Seminario de la capital. Participó en las excavaciones arqueológicas que Alfonso Caso había iniciado en Monte Albán, Oaxaca, desde la temporada III (1933-34) hasta la XI (1941-42), explorando personalmente 330 entierros y 164 tumbas. Simultáneamente, localizó y excavó (1938-40) 20 entierros y 6 tumbas en Monte Negro, Oaxaca.

Las experiencias adquiridas en las exploraciones sistemáticas de las zonas arqueológicas, publicadas en 1942, sirvieron durante décadas para normar el trabajo de excavación de los jóvenes antropólogos físicos y arqueólogos, al igual que las demás publicaciones de Romero sobre entierros y tumbas de Oaxaca. También intervino en la excavación de algunas cuevas como las de Sierra Azul, Ocampo, Tamaulipas, en 1936, y la cueva de San Borjita, Baja California, donde aparecieron pinturas rupestres. La práctica cultural en la cual Romero se ha destacado como el mejor conocedor, es la mutilación dentaria. A él se debe el sistema clasificatorio de los diversos tipos de limados, incrustaciones y del agrupamiento de éstos en patrones bucales que sigue actualmente. En la ENAH, Romero realizó sus estudios entre 1941 y 1944. En marzo de 1943 obtuvo los datos antropométricos de 156 hombres entre los mixtecos de Tilantongo, Oaxaca, material en el cual basó su tesis profesional para obtener el título de antropólogo físico de la Secretaría de Educación Pública y el grado de maestro en Ciencias Antropológicas de la UNAM. En 1960 se le nombró subdirector general del INAH, cargo que desempeñó hasta 1970. Entre 1971 y 1976 fue secretario del Consejo de Publicaciones del mismo instituto. Durante este lapso elaboró el índice de la sexta época (1939-1966) de los Anales del Instituto Nacional de Antropología e Historia. Debido a su enorme labor en favor de la antropología física en México, el 27 de julio de 1982 se le rindió un merecido homenaje por sus 50 años de actividad en el INAH. A finales de ese año se le entregó la medalla de Investigador Emérito de este instituto. Falleció en el año 1986.