Eduardo Matos Moctezuma nació en la Ciudad de México el 11 de diciembre de 1940. Es maestro en Ciencias Antropológicas con especialidad en Arqueología, por la Escuela Nacional de Antropología e Historia del INAH y por la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM).

Ha ocupado diversos cargos dentro del INAH y en otras instituciones: Subjefe de Monumentos Prehispánicos (1967-1974); Director de la Escuela Nacional de Antropología e Historia (1971-1973); Asesor del Instituto Nacional Indigenista y Secretario de la Sociedad Mexicana de Antropología (1971-1976) y Presidente del Consejo de Arqueología (1977). Además, director del Centro de Investigaciones y Estudios Superiores en Antropología Social (1982-1986), Director del Museo Nacional de Antropología (1986-1987); director del Museo del Templo Mayor (1987-2000) y, miembro de la Comisión Dictaminadora del Instituto de Investigaciones Antropológicas de la Universidad Nacional Autónoma de México (1990-1993), entre otras.

Entre sus trabajos arqueológicos destacan las excavaciones realizadas en Comalcalco, Tabasco (1960); Bonampak, Chiapas (1960), la excavación de un sitio teotihuacano en Tepeapulco, Hidalgo (1960) y excavación de entierros y edificios en Tlatelolco (1961). Igualmente, ha encabezado trabajos arqueológicos en la zona 2 y zona 9 del Proyecto Teotihuacan (1962-1964); en Totimehuacan, Puebla -con la Fundación Alemana para la Investigación Científica- (1964); exploración de un templo azteca en las calles de Argentina, México, D.F. (1965) y el rescate arqueológico en la presa de Malpaso, Chiapas (1966). Entre 1966 y 1967 fue Jefe de exploraciones del Proyecto Cholula, bajo la dirección del arquitecto Miguel Messmacher; en 1968, excavó el juego de pelota No. 2 de Tula, Hidalgo. Entre 1968 y 1977 fue Director del Proyecto Tula (Secciones Prehispánica, Colonial y Moderna); en 1971, excavó un sitio teotihuacano en Coacalco, Estado de México y fue asesor en las excavaciones del Patio de Honor del Palacio Nacional (México, D.F.), en 1974.

Desde 1978 hasta la fecha, coordina el Proyecto Templo Mayor donde desarrolló cinco temporadas de excavación (1978-1982), y a partir de ellas se emprendieron excavaciones arqueológicas en Tlatelolco, (1978-1988) y, desde 1991, las del Programa de Arqueología Urbana, con rescates arqueológicos en diferentes sitios del Centro Histórico de la Ciudad de México. Entre 1993 y 1994 dirigió el Proyecto Especial Teotihuacan, donde realizó excavaciones en la Pirámide del Sol, fundó el Museo de la Cultura Teotihuacana y el Centro de Estudios Teotihuacanos con su programa de becarios. Su actividad docente se desarrolla principalmente en la Escuela Nacional de Antropología e Historia, donde imparte diversas cátedras desde 1968, y en la Escuela de Restauración, Conservación y Museografía "Manuel Castillo Negrete", ambas del INAH.