El sitio es descubierto en 1946 y no es sino hasta 1960 en que se inician los proyectos de excavación e investigación de Bonampak. El primero se gestó de 1960 a 1964, a cargo de Raúl Pavón Abreu, restaura la parte baja de la Acrópolis, incluyendo el edificio 1 y 3. En 1987 se hace cargo la arqlga. María de la Luz Paillés, quien avanza en el levantamiento topográfico del sector central y hace excavaciones en el conjunto de los Incensarios. De 1980 a 1983, Roberto García Moll lo dirige, logrando excavar y consolidar los edificios 4 a 9 y parcialmente el basamento del 10. Entre 1984 y 1988, queda a cargo el Arq. Estanislao Labra, con el aval académico del Ing. Joaquín García Barcena y realiza trabajos de excavación y consolidación en el edificio 2 y primeros dos muros de contención del 2o sector de la Acrópolis, así como mantenimiento a los edificios 4 a 9. De 1993 a 2009, quien suscribe ha realizado diversas campañas de mantenimiento mayor en todos los edificios de la Acrópolis, también la liberación y consolidación de los edificios 12 a 18 de la Gran Plaza, de los edificios 19, 20 y 21 de la parte alta de la Acrópolis y de los Grupos Frey, Quemado y del Primer Puente, un número significativo de pozos de sondeo en la Acrópolis para comprender el crecimiento arquitectónico del monumento, así como un amplio recorrido de superficie, donde se han registrado 162 conjuntos habitacionales dispersos en más de 4000 Ha. En 2011 y 2012 se excavó y consolidó la cubierta del edificio de las Pinturas. En 2013 y 2014 se realizaron temporadas de gabinete, donde se concluyó el análisis de los pozos estratigráficos hechos en 43 Conjuntos habitacionales dispersos y de la cerámica del Grupo Quemado, donde además se ha separado material para constituir el muestrario cerámico correspondiente. Se concluyó el análisis de la obsidiana obtenida en todas las excavaciones hechas por el proyecto hasta 2009, así como de la piedra verde, quedando pendiente los análisis mineralógicos. Se ha analizado aproximadamente el 50 % de los materiales de pedernal obtenido hasta 2009. Se ha concluido el análisis del materiales de concha obtenida hasta 2009. En cuanto al estudio de restos botánicos obtenidos por la técnica de flotación, se encuentra en el proceso de separación de semillas del material flotado e identificación del mismo, con un avance de 50 % en el primer rubro y 20 % en el segundo.Se han ido escaneando y generando archivos .DWG de Autocad de los planos entintados de las estructuras excavadas y consolidadas, entre los que se encuentran los del Grupo Quemado: plano topográfico; planta general, cortes y alzados; plataforma, lado este alzado ortogonal; planta arquitectónica (ubicación de pozos); planta arquitectónica (ubicación de tumbas); entierro 1, pozo 2 (plantas y cortes); entierro 2, pozo 7 (plantas y cortes); entierro 3, pozo 6 (plantas y cortes); entierro 4, pozo 14 (plantas y cortes); entierro 5, pozo 15 (plantas y cortes); entierro 6, pozo 16 (planta y corte); entierro 7 y 8, pozo 17 (planta y corte); entierro 7 y 8, pozo 17 (corte A-B); entierro 9, lado sur 1er. entrepiso (planta y cortes); entierro 10, liberación lado sur 1er. entrepiso (planta y cortes); entierro 11, lado sur 1er. entrepiso (cortes A-B y C-D); entierro 12, lado sur 1er. entrepiso (planta y cortes A-B y C-D); entierro 13, límite oeste de escalera central, entrepiso 2, interior subestructura (plantas y cortes A-B y C-D). Grupo del puente: Entierro 1 y 2, sitio 30 plataforma lado sur, edificio 2 (plantas y cortes); entierro en cista 3, subsitio 30 plataforma 1, costado sur (plantas y cortes); entierro 4 y 5, plataforma 1, esquina SW (planta y cortes). Acrópolis: planta general y topográfico; planta arquitectónica y topográfico (edificio 20 y 21); planta arquitectónica y cortes (edificio 21); planta arquitectónica alfarda lado este pozo 41, corte A-B y alzado (personaje modelado en estuco); planta arquitectónica (escalinata superior lado este); corte A-B (fachada norte); corte I-J; corte K-L; (fachada norte); corte C-D (fachada norte). También se ha concluido el análisis de las figurillas cerámicas recuperadas en excavación hasta 2009. En 2015, 2016 y 2018 se realizaron breves temporadas de campo de un mes de duración, donde se inició la liberación y consolidación del edificio 22, avance que se vio limitado por la presencia de 5 árboles que estaban sobre esta estructura y ponían en riesgo al vecino edificio de las Pinturas, estos árboles fueron cortados en 2018. En 2015 se reinició la liberación de los cuartos 3 y 4 del edificio 12 de la Gran Plaza y hasta 2018 se han excavado 4 pozos estratigráficos. En 2015 y 2018 se prosiguió el programa de excavación de pozos estratigráficos en la Gran Plaza, principalmente en el extremo norte (pozos 3 a 19) y en la Acrópolis (pozos 59 a 70). En 2016 se elaboró el catálogo del muestrario cerámico del Grupo Quemado. También se prosiguió con el proceso de separación e identificación de restos botánicos macroscópicos de muestras que abarcan de 1993 a 2015. Realización de recorridos de superficie en 2015, 16 y 18, para levantar datos de los recursos vegetales de la región, así como para detallar el relieve de la poligonal de la zona arqueológica e incorporarlos a un SIG. Se ha concluido el análisis lítico de sílex y obsidiana hasta la temporada de campo 2016, así como de figurillas.