A partir del año de 1991 el proyecto ha tenido una amplia evolución, con resultados múltiples sobre la documentación de los pueblos indígenas de México; en este año entra en una nueva etapa que incluye la consolidación de las investigaciones mediante el análisis y sistematización de la información recopilada a lo largo de 25 años; los resultados tangibles se evidencian en la catalogación correcta y ordenada de las colecciones de los acervos etnográficos en el Museo Nacional de Antropología. Un grupo de nueve investigadores adscritos a la subdirección realizarán estudios en las regiones indígenas de México, lugares donde corresponden su origen los objetos resguardados en este museo y que están exhibidos en once salas permanentes. Los temas que se abordan son la vida cotidiana, la economía, la cosmovisión, el sistema ritual, los saberes y las expresiones artísticas. Una parte de los estudios se enfocan a temas concretos y especializados que tienen como objetivo el planteamiento de exposiciones temporales y actualización de las salas permanentes.