El poblamiento del territorio conocido ahora como la península de Baja California Sur se da, aparentemente, entre 10,000 o 12,000 años atrás. Existen trabajos de investigación en el Centro INAH BCS así como en colaboración con otras instituciones, que han podido establecer fechas, patrón de asentamiento, practicas funerarias, obtención de alimentos y adaptación al medio ambiente de dichos grupos de cazadores-recolectores y pescadores. Es en 1697 que llegan los misioneros jesuitas a fundar la primera misión en el área de Loreto, empezando entonces un largo proceso de colonización de un territorio tremendamente difícil por la falta de tierra para cultivar, de agua y por la difícil situación social que vivían con los grupos indígenas. Los misioneros fundaron una gran cantidad de misiones tanto en la costa, en el desierto así como en la sierra, dejando un muy importante legado histórico. Existe una gran labor de investigación documental de dicho periodo, sin embargo no existe un proyecto de investigación arqueológica que nos permita contrastar dicha información, así como la posibilidad de arrojar nuevos datos sobre la vida conventual cotidiana y de la interacción que tuvieron con los grupos prehispánicos en el proceso de colonización.