Fue el paleontólogo ruso I. A. Efremov (1940) quien acuño el término de las palabras griegas taphos (entierro) y nomos (leyes). Los primeros enfoques fue proporcionar información sobre la superficie de los huesos (exfoliación, marcas de roedor, exposición al calor, marca de raíces, decoloración por exposición al sol, etcétera), huesos fragmentados y con fracturas, huesos faltantes y elementos óseos dispersos. Con el tiempo, el tafonomía se enfocó en lo que sucede con los restos esqueléticos en el proceso de ser enterrados y en última instancia su fosilización. Esto incluye el estudio de los patrones y tasas de descomposición de los tejidos blandos, abarcado los factores que desempeñan la actividad por los insectos, las bacterias, etc., los efectos de los animales sobre los restos en términos de dispersión, daño y eliminación de elementos óseos, los efectos de las plantas sobre los huesos e incluso los efectos de las condiciones del suelo. De tal manera que, se concibe en dos tipos de transformaciones, la primera incluye las transformaciones de los restos orgánicos entre la muerte de un organismo y su entierro final, pueden ser naturales y culturales; biostratinómicas, y la segunda etapa que ocurre desde el entierro final hasta la recuperación, o diagenéticas, esto es las transformaciones del material orgánico en el subsuelo. La distinción se hizo con el fin de diferenciar y mantener separados aquellos procesos en gran parte pre-enterrados y en su mayoría biológicos (bioestratinómicos) que influyeron en los restos y aquellos en su mayoría procesos geológicos y químicos (diagenéticos) post-deposicionales o post-enterramiento que influyeron en los restos óseos. Por consiguiente, las transformaciones bioestratinómicas pueden, a su vez, ser subdividas en naturales (las que se producen por acción de eventos ajenos a cualquier tipo de intencionalidad humana) y culturales (Pijoan y Lizárraga, 2004: 14). Por otro lado, Lyman (2010) comenta que en la arqueología sea utilizado de forma errónea el concepto de tafonomía y ejemplifica con varios autores entre los que se encuentra White (1979) que entiende a la tafonomía como los procesos que tiene lugar desde que un artefacto se deposita y hasta que se recupera, centrándose solamente en las condiciones ambientales especificas en las que se desarrolló la deposición. Ya que la tafonomía no solo se refiere a procesos naturales o no culturales. Es decir, es un uso impreciso del concepto que implica la transición de la biosfera a la litosfera. La confusión surge de inmediato porque este enfoque del proceso natural impide la alteración de los artefactos por actividades humanas, como la excavación de fosas de caché y al hacerlo romper o mover artefactos. La tafonomía se concibió y definió originalmente con respecto a los restos orgánicos no incluye tal confusión, lo que no quiere decir que algunos paleobiólogos no se equivoquen al clasificar, por ejemplo, las marcas de carnicería como atributos no tafonómicos de los huesos. Todo parece indicar que la caracterización de Whitlam no distingue explícitamente las etapas bioestratinómica y diagenética. En resumen, la tafonomía se refiere a la transición de los organismos vivos a un modo geológico de ocurrencia; la arqueología se refiere al uso de material no vivo como piedra y arcilla, así como a tejidos vivos originales como palos, huesos y piel como material de herramientas y la modificación humana y la transición de ese material a un modo geológico de ocurrencia, así como su modificación después de que inicialmente tiene un modo geológico de ocurrencia. Por lo tanto, la tafonomía no es más que una pequeña parte de los procesos de formación que crean el registro arqueológico: los procesos de formación que involucran tejidos animales y vegetales. Este es uno de los que considero tres distinciones críticas entre la tafonomía y la formación del registro arqueológico.