El Proyecto Ciudadela fue planteado e iniciado formalmente en 2003. Los objetivos del proyecto comprenden la investigación y conservación integral del Complejo Arquitectónico de La Ciudadela. Fue propuesto a raíz de los severos daños que en 2002 fueron registardos en la fachada principal del Templo de la Serpiente Emplumada. Los objetivos y alcances del proyecto de investigación se han ido incrementado paulatinamente comprendiendo la investigación de aspectos y problemas de indole general para la comprensión de la antigua sociedad teotihuacana, así como en la propuesta de diversas metodologías para la conservación y restauración de diferentes elementos y materiales arqueológicos. En términos metodológicos puede ser considerado como un proyecto de alta intensidad y largo alcance. En 2003 durante los trabajos de conservación se realizó el descubrimiento de un tunel de mas de 100 metros de longitud que pasa por debajo del Templo de La Serpiente Emplumada. En 2010 se inicio la explotracion del túnel y en años consecuentes se han ido corroborando paulatinamente varias de las hipotesis de trabajo planteadas en el protocolo de investigación. La investigación de este elemento es de enorme relevancia para la investigación de aspectos relacionados con la ideología, el pensamiento religioso, el sistema de gobierno y las estructuras de los grupos de poder en la antigua sociedad teotihuacana. Se prevee para la temporada 2019 conlcuir el registro del tunel bajo el Templo de La Serpiente Emplumada y continuar ka conservación y restauracion de diversos materiales arqueológicos recuperados hasta ahora, los cuales sobrepasan los 100 000 objetos. Se pretende continaur con la consolidación de aplanados y estucos con pintura originales que aun se conservan en los conuntos 1D y 1R asi coo sellar fissuras de pisos restituidos.