El Programa Nacional Etnografía de las regiones indígenas de México, es fruto de una política de investigación basada en proyectos colectivos y de alcance nacional, impulsado por la Coordinación Nacional de Antropología (CNAN) y especialistas de diversas áreas del INAH desde 1999. En este Programa se articulan los resultados de investigación generados en materia de población indígena en distintas regiones del país de investigadores entre los que se encuentran etnólogos, antropólogos sociales, etnohistoriadores y lingüistas, adscritos a diversos centros de trabajo del Instituto. Durante el desarrollo del Programa se han trabajado 3 etapas con 10 líneas de investigación, a saber: Estructura social y organización comunitaria; Territorialidad, santuarios y ciclos de peregrinación; Relaciones interétnicas e identidad; Sistemas normativos, conflicto y nuevas tendencias religiosas; La migración indígena: causas y efectos en la cultura, en la economía y en la población; Procesos rituales; Cosmovisiones y mitologías; Chamanismo y nahualismo; Patrimonio biocultural de los pueblos indígenas de México y Pueblos indígenas y procesos socioambientales, y la línea actual de Los pueblos indígenas de México: diversidad cultural, discriminación y desigualdad social. En suma, el Programa busca contribuir a la construcción de un conocimiento científico de la diversidad humana y cultural, a través de la comprensión de las dinámicas interétnicas de los pueblos indígenas de México. El equipo regional Chiapas inició como equipo Frontera Sur con la idea de cubrir la situación fronteriza experimentada por los pueblos indígenas de origen mayales. Posteriormente el equipo ajustó su investigación a regiones indígenas de Chiapas, zoques y mayanses.